El proceso de colonización microbiana del intestino o microbiota intestinal después del nacimiento juega un papel crucial en el desarrollo del sistema inmune neonatal de los mamíferos con implicaciones durante toda su vida (Hansen, C. H. F. et al.2012).
Una adecuada colonización mantiene la homeostasis del sistema inmune e influye directamente en la probabilidad de desarrollo de patologías en el futuro, como, por ejemplo, las diarreas del síndrome post-destete.
La colonización microbiana temprana resulta de factores como la genética, la exposición microbiana, tanto a la madre como al ambiente, y el uso de antibióticos. Esto, a su vez, pone en marcha el cross-talk (conversación cruzada) entre el microbioma y el hospedador mediado por cambios en la nutrición, la inmunidad, la función de barrera, el metabolismo y la expresión génica (Figura 1). Por tanto, se trata de una matriz de sistemas muy compleja capaz de modular la aparición y el desarrollo de enfermedades inmunes y metabólicas.
De forma habitual, los mamíferos son inoculados al pasar a través del canal de parto (Houghteling, P. & Walker, W., 2014) a lo largo del cual se encuentran también con bacterias intestinales maternas (Makino, H. et al., 2013).