Se estima que en el ecosistema ruminal existen más de 2.000 especies distintas (Denget al., 2008), pertenecientes filogenéticamente a los dominios Bacteria, Archaea y Eucarya.
La mayor parte de estos microorganismos no han sido aún cultivados pero la aplicación de técnicas moleculares ha permitido estimar que, por ejemplo, las bacterias ruminales representan más de 10000 filotipos (Yu et al., 2006).
La microbiota ruminal es dinámica y puede verse afectada por diversos factores, tales como la dieta, la especie o la edad del animal, la zona geográfica en la que se asienta una determinada explotación ganadera o la estación del año (Zhou et al., 2010).
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