En este trabajo, analizaremos los resultados que han obtenido los investigadores en los ensayos in vivo y detallaremos con más detenimiento la biohidrogenación de las grasas en el rumen, proceso que como ya vimos es el paso posterior a la lipolisis, primer proceso al que se ven sometidas las grasas que entran al rumen.
 
Adaptación detoxificante – biohidrogenación
Este proceso se considera como una adaptación detoxificante (Kemp et al., 1984), y contribuye marginalmente a la eliminación de los equivalentes reductores producidos por la fermentación ruminal (Lourenço, et al. 2010).
La biohidrogenación (BH) comprende varios pasos, dependiendo de los AGI, y varias vías, dependiendo de la dieta y el ambiente ruminal (Griinari et al., 1998).
Los protozoos engloban bacterias, y la biohidrogenación bacteriana puede tener lugar dentro de los protozoos (Jenkins et al., 2008) y explicar sus altas concentraciones de productos intermediarios (Devillard et al., 2006).

Estudios in vivo
Más allá de los estudios basados en los aislamientos seleccionados, se han realizado intentos para evaluar in vivo la relación entre bacterias del rumen y la biohidrogenación agregando bacterias y midiendo sus productos, o agregando suplementos dietéticos que se sabe que afectan a la BH y medir la abundancia de bacterias.
Por regla general
Los estudios in vivo de adición de grasa han demostrado que no hay cambios o disminución en los géneros de protozoos totales y principales.
Otras observaciones ….
Hristov et al., 2012 observaron que el ácido láurico (C12: 0) disminuyó fuertemente los recuentos de protozoos en comparación con los ácidos mirístico (C14: 0) y esteárico (C18: 0).
Oldick y Firkins (2000), de manera más general, mostraron que al aumentar el grado de insaturación disminuye el recuento de protozoos, pero enfatizaron que este cambio puede ser difícil de evaluar debido a la variación individual, lo que explica la inconsistencia en los ensayos.
Observaciones sobre la  comunidad archeal
Los estudios con cepas puras de arqueas añadiendo ácidos orgánicos o ácidos grasos saturados mostraron una inhibición de la producción de metano por Methanobrevibacter ruminantium.

Lillis et al. (2011) demostraron que la adición de aceite de soja in vivo alteró el recuento pero no la diversidad de las archeas metanogénicas, y plantearon la hipótesis de que estos cambios podrían ser consecuencia de la alteración del perfil de AGV (menos acetato y butirato que producen H2, y más propi...

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